INSTITUT SYARIAH NEGERI JUNJUNGAN BENGKALIS (ISNJ) merupakan institusi pendidikan tinggi yang lahir pada tanggal 27 Agustus 2024, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 906 Tahun 2024 tentang izin Perubahan Bentuk dari Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Syariah Bengkalis. Dengan status baru ini pada peringkat awal ISNJ menawarkan dua buah fakultas yaitu (1) Fakultas Ekonomi dan Bisnis Syariah yang terdiri dari empat jurusan SI, yaitu, Jurusan Akutansi Syariah, Jurusan Perbankan Syariah, Jurusan Manajemen Bisnis Syariah dan Jurusan Manajemen Keuangan Syariah. Juga menawarkan program Pascasarjana yaitu Magister Ekonomi Syariah (MES). (2) Fakultas Syariah dan Hukum, yang memiliki satu Jurusan yaitu Jurusan Hukum Ekonomi Syariah.
ISNJ Bengkalis lahir melalui Sejarah yang panjang dengan dimulai berdirinya STIE SYARIAH (Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Syariah) Bengkalis (Islamic Economy Institute of Bengkalis, atau Al-Jami`ah Iqtisadiyah al-Islamiyah) yang merupakan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Syariah swasta yang pertama kali di luar Pulau Jawa, mendapatkan Izin Penyelenggaraan Program Studi Akuntansi Syariah dan Program Studi Keuangan dan Perbankan Syariah (saat ini menjadi Perbankan Syariah), dari Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia di Jakarta Nomor: Dj.II/410/2003.
Didirikan pada tanggal 14 Oktober 2003, atas keinginan Bapak DR. H. Syamsurizal, MM. (Bupati Bengkalis Periode 2000-2005 dan 2005-2010) dan juga Bapak DR. H. Sulaiman Zakaria, M.Si. (ketika itu Sekretaris Daerah). Gagasan tersebut akhirnya direalisasikan oleh Bapak DR. H. Kasmuri Selamat dan Bapak Drs. H. Muhammad Isa Selamat, MA. STIE SYARIAH dikelola oleh Yayasan Bangun Insani (YBI) Bengkalis. Pada awalnya dalam upaya pengembangan dan peningkatan mutu Perguruan Tinggi telah didatangkan para dosen professional yang memiliki keahlian dalam berbagai disiplin ilmu seperti Akuntansi, Ekonomi, Keuangan dan Perbankan Syariah baik dari Pekanbaru, Jakarta maupun Negara Jiran Malaysia. Diantaranya Prof. DR. Sidiq Baba (UIA), Prof. Madya DR. Zakaria Man (UIA), Prof. DR. Halim Mat Diah (UM) dan Prof. DR. Fadzim Ahmad (UM).
Ketika ini ISNJ Bengkalis akan terus maju ke depan dalam upaya mewujudkan sebuah perguruan tinggi yang berdaya saing di peringkat global. Berbagai Kerjasama strategik telah dilakukan baik diperingkat nasional maupun internasional. ISNJ Bengkalis akan menambah beberapa fakultas dan Jurusan baru sesuai dengan potensi kearifan lokal dalam memenuhi keperluan dan permintaan lulusan yang terus berkembang. ISNJ Bengkalis tetap mempertahankan mutu akreditasi baik secara intitusi maupun program studi yang merupakan syarat utama dalam mewujudkan perguruan tinggi yang unggul dalam keilmuan Islam dan sains di wilayah Rumpun Melayu.