ISNJ Bengkalis sudah melakukan kerjasama dengan lembaga-lembaga dan institusi baik dalam maupun luar negeri diantaranya:
Dalam Negeri:
1. Badan Amil Zakat Nasional Bengkalis
2. Pemerintah Kabupaten Bengkalis
3. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Bengkalis
4. Dinas Komunikasi, Informatika dan Statistik Kabupaten Bengkalis
5. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Bengkalis
6. Kementerian Agama Bengkalis
7. Kamar Dagang dan Industri Bengkalis
8. Pengadilan Agama Bengkalis
9. Badan Amil Zakat Nasional Pekanbaru
10. Inisiatif Zakat Indonesia (IZI) Pekanbaru
11. Kantor Akuntan Publik Drs. Hardi dan Rekan
12. Pengadilan Agama Pekanbaru
13. Pengadilan Agama Batam
14. Kementerian Agama Batam
15. Badan Amil Zakat Nasional Batam
16. Pengadilan Agama Batu Sangkar
17. Badan Amil Zakat Nasional Payakumbuh
18. Badan Amil Zakat Nasional Batu Sangkar
19. Badan Amil Zakat Nasional Bukit Tinggi
20. UPT Puskesmas Bengkalis
21. PT Urun-RI Bangun Negeri
22. PT. Decra Group Indonesia
23. Bank Syariah Indonesia
24. Perhimpunan Ilmuan Pesisir Selat Melaka
25. Dinas Tanaman Pangan Hortikultura dan Peternakan Bengkalis
26. Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat - Albantani
27. Pondok Pesantren Nurussalam Mentayan
28. SMA Negeri 1 Bukit Batu Bengkalis
29. Pondok Pesantren Al-Amin Dumai
30. Universitas Nahdlatul Ulama Pasuruan
31. Institut Agama Islam Diniyah Pekanbaru
32. Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis
33. Sekolah Tinggi Agama Islam Imam Asy Syafii Pekanbaru
34. Universitas Islam Riau
35. STEI Ar-Rachman Batam
36. Universitas Nagoya Indonesia Batam
37. Sekolah Tinggi Agama Islam Ibnu Sina Batam
38. Universitas Pasundan
39. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Pasundan
40. Lembaga Penjamin Mutu Internal (LPMI) Universitas Pasundan
41. Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Trisakti Jakarta
42. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang
43. Univeritas Muhammadiyah Riau
44. Sekolah Tinggi Ekonomi dan Bisnis Islam (STEBIS) Al-Ulum Terpadu Medan
45. Program Studi Ekonomi Syariah (STEBIS) Al-Ulum Terpadu Medan
46. Program Studi Perbankan Syariah (STEBIS) Al-Ulum Terpadu Medan
47. Fakultas Ekonomi dan Bisnis UIN Sjech M. Djamil Djambek Bukittinggi
48. Program Studi Perbankan Syariah Fakultas Ekonomi dan Bisnis UIN Sjech M. Djamil Djambek Bukittinggi
49. Program Studi Akuntansi Syariah Fakultas Ekonomi dan Bisnis UIN Sjech M. Djamil Djambek Bukittinggi
50. Program Studi Manajemen Bisnis Syariah Fakultas Ekonomi dan Bisnis UIN Sjech M. Djamil Djambek Bukittinggi
Luar Negeri:
1. Emag HJ. M.A. Ghani - Kuala Lumpur
2. World Future - Selangor Malaysia
3. Lembaga Bahasa Melayu Melaka
4. Jabatan Bahasa Melayu Universiti Fatoni - Thailand
5. Jurusan Ekonomi Keuangan dan Perbankan Universiti Fatoni - Thailand
6. UCYP University Kuantan, Malaysia
7. Universiti Fatoni Thailand
8. Pertubuhan Kebajikan Darul Aitam Bukit Pegoh Pernu Melaka
9. Pattanakarn Suska School - Thailand
10. Muhammadiyah Islamic College Singapore
11. Kolej Universiti Islam Perlis
12. Jareeyatam Foundation School - Thailand
13. Institut Ramlah Daing Abdul Kadir Singapore
14. Sangtham Vittaya School - Thailand
15. Muslim Vittaya Mulnithi School - Thailand
16. Sekolah Daril Ihsan - Thailand
17. Bina Islamic Cooperative LTD., Thailand
18. Cooperative University Fatony LTD., Thailand
19. Universiti Islam Malaysia
20. Islamic Cooperative Ibnu Affan LTD., Thailand
