Keseluruhan tema logo ini mengandung makna mengedepankan konsep profesional dan terintegritas berbasis nilai-nilai keislaman, budaya dan integrasi ilmu sesuai dengan Visi ISNJ Bengkalis.
Institut Syariah (Is):
Merupakan institusi pendidikan tinggi yang menekankan nilai-nilai falsafah ilmu keislaman, sains dan keterampilan, demi terwujud prestasi yang unggul dalam simpul Syariah untuk melahirkan generasi berilmu dan berakhlak.
Negeri Junjungan (NJ):
Julukan Kabupaten Bengkalis merupakan bagian Wilayah Rumpun Melayu memiliki sumber utama yaitu sumber daya alam, sumber daya manusia dan sumber daya kebijakan. Menjunjung tinggi nilai-nilai keislaman, adat, seni dan budaya dalam membina jati diri dan peradaban.
Globe/ Bumi:
Mengandung makna wilayah yang menjadi usaha pengembangan Institusi mencakup Rumpun Melayu.
Highway / Jalan:
Mengandung makna sebagai alat penghubung dalam menjalankan arah dan tujuan untuk mencapai kecemerlangan dalam bidang pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan kerjasama dalam negeri serta serantau.
Simbolik penggunaan tiga warna pada logo ini merupakan terjemahaan dari:
Warna Merah: Menggambarkan kekuatan, energi, semanggat serta semarak yang harus dimiliki Institusi pendidikan tinggi.
Warna Biru: Menggambarkan keteguhan serta pencapaian prestasi dalam gagasan pemikiran dan aktualisasi bidang keilmuan.
Warna Kuning: Diibarat seperti sinar matahari memiliki pengertian optimisme, pencerahaan kreativitas dalam upaya memajukan Institusi lebih unggul dan berdaya saing di tingakat global.